Jest mnóstwo hipotez, przy pomocy których badacze starają się wyjaśnić tajemnicę autyzmu.
Mówi się o zmianach w konkretnych chromosomach, deficytach w funkcjonowaniu układu immunologicznego, zaburzeniach funkcjonowania przekaźnictwa nerwowego, dysfunkcjach w pracy układu pokarmowego. Coraz większe znaczenie przypisuje się toksycznemu wpływowi otaczającego nas środowiska. To najważniejsze, prawdopodobne przyczyny zaburzeń ze spektrum autyzmu. Czasem jedne wynikają z drugich.
Gerard Schellenberg mówi: „Naprawdę musimy zrozumieć autyzm na poziomie komórkowym i molekularnym”.
Jest to chyba obecnie klucz do odkrycia tajemnicy.
Osobom z autyzmem i ich rodzinom nie na wiele zda się takie wyjaśnienie, kiedy już być może nastąpi. Choć znając jednak coraz lepiej patologiczne mechanizmy, na pewno będzie można skuteczniej leczyć już istniejące objawy.
Większego znaczenia nabiera potrzeba takiego zrozumienia dla profilaktyki, szczególnie w świetle gwałtownie wzrastającej zachorowalności na zaburzenia ze spektrum autyzmu.